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云与基因检测成"黄金搭档" AWS或颠覆HPC产业?

发布时间:2016-12-06 08:51      点击:     关注官方微博:

不难发现,无论在哪个领域,很多大牌都不是孤军奋战,他们常常有着自己的固定搭档,甚至堪称"黄金搭档",每每联手,在所在领域就会带来新一轮翻天覆地的变化。

在影视圈,冯小刚与葛优堪称一对黄金搭档。这对从《编辑部的故事》走出来的黄金搭档,接连合作了《甲方乙方》、《没完没了》、《不见不散》、《非诚勿扰》等多部影视剧,不但在当年的票房上得到大丰收,个人奖项也是拿的手软,很难说他们之间是谁成就了谁,但每当他们联手都会取得非常出色的成绩。

在好莱坞,大卫·芬奇与布拉德·皮特也堪称一对黄金搭档,两人合作始于经典电影《七宗罪》,之后的《搏击俱乐部》再成经典,正是凭借这部与大卫·芬奇再度合作的影片,布拉德·皮特得以从偶像派跻身演技派之列,而大卫·芬奇也在好莱坞获奖无数。

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等等事件,我们发现,这些堪称"黄金搭档"的人凑在一起,就像会起到化学反应一样,他们的联手总能起到"一加一大于二"的效果。而在科技领域,同样有一对"黄金搭档"已经悄然形成,并且在所在领域已经取得非常出色的成绩,他们就是以基因科技为核心的健康解决方案提供商Genetalks人和未来和全球知名的云服务提供商AWS。

随着科技的发展,基因分析领域得到越来越多的关注。Genetalks人和未来是一家生物科技公司,一直致力于为人类提供以基因科学为基础的创新医疗健康解决方案,其业务包括肿瘤液体活检、健康人群基因大数据构建、生物计算加速等。

在2016年11月4日,基因组云计算技术开发者大会(GCTA)在第11届国际基因组学大会(ICG)上正式公布了历时6个月的全球公开竞赛结果。人和未来在此次大赛中脱颖而出,在数据压缩和计算加速两个项目上的成绩均刷新了世界纪录,同时保持了最低的计算成本,将全基因组的计算分析带入百元(16$)时代。


人和未来生物科技有限公司首席技术官 宋卓先生

人和未来为何取得如此出色的成绩呢?在近日,人和未来生物科技有限公司首席技术官 宋卓先生接受了笔者的采访,他表示:"人和未来全基因组分布式计算环境是一个部署在亚马逊 AWS 云平台上的可扩展全基因组的计算环境。用户可以使用 Genetalks 提供的客户端在本地对云平台进行操作和监控,从而方便的完成全基因组测序计算任务。"

通过利用AWS上的300台机器,人和科技将分析时间从单台服务器的30个小时,缩短为18分钟,机时费用仅为$16,将全基因组计算带入百元时代。对比单台标准服务器,数据分析速度提高了90倍,"可节约75%的云计算机时费用。从而刷新全基因组加速计算性能的世界纪录。"

据介绍,压缩和计算在基因分析中具有重要的价值,只有高效的压缩才便于大规模向云端传输数据,降低云端存储成本;只有高效的计算才能充分体现云端弹性计算应有的优势。解决好这两个问题,就能站在技术制高点上,从而推动生物信息云计算行业的发展。随着云与基因检测的结合,必将推动新的技术创新,对基因检测全行业发展具有重大意义。

对于人类健康而言,基因组数据分析是生命科学研究中一项极有可能改变未来世界的技术,其所带来的价值不可估量。而在以往,在基因分析方面,高性能计算(HPC)一直在基因分析领域扮演了不可或缺的角色。那么人和未来为何选择亚马逊来进行基因分析呢?

据宋卓先生介绍,基因分析愿景虽然美好,但这项技术若要发展和造福大众百姓,则面临着多方面的限制问题。首先,进行基因分析会产生大量的数据,要对这么庞大的数据量进行分析比对,则对于运算设备的计算能力提出了极大的挑战。这就需要灵活的计算能力,怎么灵活的增加我们的计算能力,同时灵活的存储我们的数据呢?

除了在计算和存储方面的不足,进行基因分析还需要高昂的成本费用,这项技术之所以还停留于少数"贵族"群体享用的阶段,很大原因就是这项研究的成本非常高,使得其离普通大众需求还存在相当远的距离。

宋卓先生表示,利用AWS云服务能够很好的解决这些问题。首先,AWS能够满足快速部署和灵活扩展的需求,同时,AWS有非常稳定的对于这种服务的支持。并且AWS还提供了一种SPOT Instance服务,将AWS闲置的资源会用竞价的模式给释放出来,这种竞价模式通常是按需服务的1/10,大大降低了成本费用。在合作过程中,人和未来也得到了AWS很好的支持。宋卓表示,取得这样的成绩,跟AWS平台本身也是密切相关的。

众所周知,高性能计算长期以来一直在各个领域发挥着重要的作用,但是利用高性能计算需要昂贵的成本和应用等方面的限制。而AWS和人和未来的合作则让我们看到,随着云计算的发展,如今的云已经能够提供高性能计算的能力,同时云计算在成本、扩展等方面拥有天然的优势。利用云计算来进行传统高性能计算的作用将推动更多科研领域得到快速的发展。AWS和人和未来的合作,将很可能成为颠覆传统高性能计算行业的一个开端。
 

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